Se trata de una práctica extremadamente frecuente alrededor del mundo que por mas noble que parezca puede tener efectos no deseados.

Entre los riesgos de la automedicación están:
1. La posibilidad de padecer los efectos secundarios asociados a la medicación. Por ejemplo, el uso excesivo de acetaminofén puede afectar la función del hígado.

2. Que, por el uso crónico, la medicación se vuelva inefectiva o se cree resistencia por el uso indiscriminado, como en el caso de los antibióticos, que en nuestro país se pueden comprar sin prescripción médica. Estos últimos, como no requieren indicación y no se toman en dosis y tiempos adecuados, quien los utiliza puede desarrollar resistencia de los microorganismos, y cuando verdaderamente necesita el antibiótico ante una infección, el mismo no es efectivo. Es muy común escuchar a personas que fueron a la farmacia y con dos tabletas de ampicilina de 500 miligramos se trataron síntomas gripales iniciales, o el dolor de una pieza dental.

3. Otro riesgo sería que se dilate el diagnóstico de procesos de enfermedad graves y que, de ser descubiertos temprano, pudiera evitarse, desde la merma en la calidad de vida del paciente hasta hospitalizaciones, tratamientos agresivos y pérdida de la vida.

4. Puede ocurrir también que el paciente desarrolle dependencia a ciertas sustancias o hasta adicciones.

5. Si la persona decide automedicarse siguiendo el consejo de alguien a quien le fue efectiva una determinada medicación, sea un vecino o amigo, como las características de los enfermos son diferentes y por eso hay diferentes opciones medicamentosas, lo que le sirve a uno, no necesariamente le va a otro, incluso pudiera poner su vida en peligro. Por ejemplo, un paciente diabético encuentra que su medicación no le es efectiva y decide probar la que usa un amigo, si esta última resulta reducir demasiado el nivel de azúcar en sangre, a un grado que no es necesario, el paciente podría experimentar una baja de azúcar sanguínea que le haga necesario hasta acudir a una Emergencia.